Хвоя можжевельника коричневого цвета, местами черная

Даже с фото проблемного хвойного растения однозначно диагноз не установить, а здесь только краткое описание. При чем не понятно, изменение хвои только внизу или внутри или по всей поверхности растения.
Возможно это солнечный ожог, причиной которого является нехватка влаги ранней весной. Спящая корневая система не поставляет влагу в уже проснувшуюся под солнечными лучами хвою, в результате чего хвоя приобретает бурый цвет, засыхает.
Возможно одно из грибковых заболеваний, при которых хвоя коричневеет.
Здесь почитайте симптомы и методы устранения https://consuitant.ru/mozhzhevelnik-blju-jerrou-bolezni-i-lechenie/

А то, что имеется специфический запах, говорит о том, что кошка (кот) периодически метили растение. Постоянно сталкиваюсь на участке с тем, что и коты и кошки (все пришлые) метят туи. Вот от этого хвоя именно чернеет и воняет. Но понятно, что такие испорченные побеги находятся на небольшой высоте. В этом случае, чтобы избежать гибель хвои в "помеченных" местах, рекомендуют смывать водой метки. Это легко сказать...но не будешь же караулить, когда кошкам захочется сотворить такое.

От любой мочи хвоя может отмереть, кошачья вообще термоядерная. Но могла еще весной подгореть.

это 100% коты виноваты,у меня так в прикопе стоят саженцы некоторые,практически вплотную,так вот на одном углу именно чёрная хвоя,и я их за этим делом ловил,да только карать рука не поднимается....наверное, если ценное растение,то нужно огораживать как то с расстоянием в сантиметров 30 ,другие меры на ум не приходят.

Зависит от локализации такой хвои. В глубине кроны нестрашно, по периферии, особенно на верхушке - фатально.

Это от мороза! вряд ли отойдет! обрежьте