В БТИ не подписывают документы на приватизацию

Выяснять, являются ли произведенные вами изменения (замена окон, снятие двери) перепланировкой. А выяснить это можно только ознакомившись с нормативным актом, который должен быть принят в вашем городе по этому поводу.
Попросить письменный отказ, пусть сошлются на норму закона. Обжаловать отказ в суде. Писать жалобу прокурору-вариантов законного решения проблемы много.

Если есть перепланировка - утрясти с ней вопрос

Пластиковые окна.... популярная тема, появилась недавно, скорее всего их придется согласовывать (хотя дурь, конечно) , а дверь в коридоре повесьте обратно, потом опять снимете. Если Вы сняли дверь, да еще и не приведи Господи, проем убрали- получается, что объединились помещения, которые эта дверь разделяла, т. е. изменились метражи, а если у помещений еще и разное назначение (прихожая и кухня или коридор и комната, например) . С такой перепланировкой Агентство по приватизации не подпишет Вам договор приватизации.

А причину объяснили?

Они действуют незаконно. Пластиковые окна и отсутствие двери, не является перепланировкой, если конечно не был замурован сам дверной проем: -))

Глава 25 ГПК РФ предусматривает возможность и порядок обжалования действий органов исполнительной власти и муниципальных гос. служащих.
Прежде всего, во имя соблюдения досудебного порядка урегулирования Вашего вопроса, при очередном обращении в БТИ можно сослаться на то, что пластиковые окна были установлены в середине 90-х годов, когда никакие согласования не требовались.