Будет ли вычитаться сумма материнского капитала из общей суммы для возврата 13% при покупке квартиры?

Вы ведь мат. капитал направили не на покупку квартиры. Если я правильно понял, то Вы сначала взяли кредит на всю стоимость квартиры и этими деньгами расплатились с продавцом. Вот и берите свой договор купли-продажи. расписку продавца в получении денег, свидетельство о праве собственности и несите в налоговую. Вычет будет с суммы, указанной в договоре, но не больше 2 млн. Налоговая ведь не узнает как Вы там погасили часть кредита впоследствии, деньгами своими или мат. капиталом. А потом когда будете получать вычет на проценты по кредиту, предоставите справку из банка о выплате основного долга и процентов по кредиту. В ней не видно откуда поступили деньги. Заплачено и всё.

Имущественный налоговый вычет, предусмотренный настоящим подпунктом, не применяется в случаях, если оплата расходов на строительство или приобретение жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них для налогоплательщика производится за счет средств работодателей или иных лиц, средств материнского (семейного) капитала.
Так что сумма материнского капитала из вычета выпадает.

ст 220 НК РФ предпредпоследний абзац пункта1.

Налог 13% выплачивается с дохода! То есть вообще и этот налог не при ПОКУПКЕ, а при ПРОДАЖЕ квартиры. Поэтому вопрос корректен, только тогда когда Вы эту квартиру будете ПРОДАВАТЬ. И только если не провлададеете ей 3 года.

А вот если продаете (и нет 3-х лет с момента покупки) , то 13% выплачиваются с разницы между ценой покупки и продажи квартиры. Причем начиная со второго миллиона такой разницы. И, конечно, сумма МК учитывается при расчете общей стоимости.

Возврат налога. Действительно покупка недвижимости освобождается от налога. А поскольку, считается, что с денег, которые Вы уплатили за квартиру налоги уплачены, то их возвращают. Ну точнее не удерживают новые в счет такого возврата, с доходов, например с зарплаты. Поскольку МК доходом не является, налогов Вы с него не платили, то и в возвратную сумму он не учитывается.