Как считается госпошлина за выдачу свидетельства о праве на наследство?

Нет, НЕ правильно – нотариус Вас попросту обманула!
В ст. 333.25 НК РФ (в п. п. 3 п. 1) действительно установлено, что при наличии нескольких наследников гос. пошлина уплачивается КАЖДЫМ наследником.
Но в п. п. 5 п. 1 той же статьи указано, что "…При исчислении размера государственной пошлины за выдачу свидетельств о праве на наследство принимается стоимость наследуемого имущества,… ".
А потому, каждый наследник должен уплачивать гос. пошлину, исходя из стоимости имущества, наследуемого именно им (или именно его доли в праве общей собственности на имущество) .
При этом этом суммарный размер гос. пошлины (нотариального тарифа) за выдачу
свидетельства о праве на наследство, выдаваемого НЕСКОЛЬКИМ наследникам от ОДНОГО наследодателя, не должен превышать предельные суммы, установленные пп. 22 п. 1 ст. 333.24 НК РФ. (в Вашем случае – 0,3% от 1 млн. 800 тыс. руб. )
Источник - Разъяснения Минфина РФ по этому поводу приведены в Письмах Минфина РФ от 12.10.2011 N 03-05-05-03/33 и от 06.06.2006 N 03-06-03-04/59.

а они не проживали вместе с наследодателем?

22) за выдачу свидетельства о праве на наследство по закону и по завещанию:

детям, в том числе усыновленным, супругу, родителям, полнородным братьям и сестрам наследодателя - 0,3 процента стоимости наследуемого имущества, но не более 100 000 рублей;

другим наследникам - 0,6 процента стоимости наследуемого имущества, но не более 1 000 000 рублей;

Статья 333.38. Льготы при обращении за совершением нотариальных действий


От уплаты государственной пошлины за совершение нотариальных действий освобождаются:

5) физические лица - за выдачу свидетельств о праве на наследство при наследовании:

жилого дома, а также земельного участка, на котором расположен жилой дом, квартиры, комнаты или долей в указанном недвижимом имуществе, если эти лица проживали совместно с наследодателем на день смерти наследодателя и продолжают проживать в этом доме (этой квартире, комнате) после его смерти;

развёл вас нотариус на госпошлину. Квитанций нотариусы невыдают, но суммы, которые взыскиваются в уплату госпошлин, тарифов- регистрируются в книгах, где вы и расписывались.
Идите и задайте вопросы-по сумме госпошлины, почему вы этого не сделали при получении свидетельств-непонятно.

А далее- предложите хапуге вернуть денег, при отказе- в полицию с заявлением о мошенничестве

Если Вы наследуете в долях, то стоимость имущества делите на количество наследников.
Источник: Статья 333.24 НК РФ. Размеры государственной пошлины за совершение нотариальных действий

В налоговом кодексе однозначно прописано, ''0.3% от стоимости имущества'', более того в 333.25 п. 3 прописано, что, пошлина уплачивается каждым наследником. Очевидно полагая, раз каждый из вас получил свидетельство. Конечно, если бы вы представили инвентаризационную стоимость недвижимости, тогда нахлебникам деваться было некуда, пошлина была бы гораздо меньше.