Будет ли облагаться налогом сделка по продаже квартиры?

пофиг, что завещанию 100 лет.
налоговая инспекция работает по налоговому кодексу, а там основанием предоставления вычета является документ о собственности, т. е. свидетельство о регистрации права, из росрегистрации

ст. 220 нк рф, читайте

Ваше право собственности отсчитывается с момента смерти наследодателя, а не с момента выдачи свидетельства о собственности. Так что налог платить не надо.

С момента регистрации права.

Правильно написал ЛИС: право собственности в случае получения квартиры по наследству отсчитывается с момента смерти наследодателя. Так что собственником по закону Вы являетесь с 1995 года, что сильно больше чем "три года назад". Кстати, в самом свидетельстве о регистрации права собственности должно быть написано, что это самое право возникло на основании свидетельства о праве на наследство от ...года.
Налог Вам платить не надо.

P.S. Налоговой инспекции на законы "не по фиг", дураков там не больше, чем среди других профессий. А в Налоговом кодексе ко всему прочему сказано, что если какой-то момент в нём не определен, следует обратится к другим нормативным актам - в данном случае к Гражданскому кодексу.
Другое дело, что налоговики не знают (поскольку эти сведения им никто не передает) , на основании чего и когда возникло право собственности и не видят само свидетельство - только дату регистрации права и (может быть) уточнение "на праве наследства" (но не дату возникновения этого самого права на наследство) . Поэтому, отталкиваясь от даты получения свидетельства, они могут прислать письмо с требованием предоставить декларацию и уплатить налог. Вопрос решается с пол-пинка: достаточно пояснить, с какой даты возникло наследство и предоставить подтверждающий документ (можно даже не лично, а письменно).

Наследник становится собственником имущества с момента смерти наследодателя, а не с момента государственной регистрации, даже если это имущество - недвижимое

будет, не зависимо от завещания