Будет ли фигурировать соглашение о задатке в последующей сделке купли-продажи квартиры?

Нет. Читайте комментарии к ст. 380 ГК РФ.

Задаток и аванс разные вещи, разные последствия, а Вы в вопросе именуете то авансом, то задатком, видимо разницы не понимаете.
Цена- существенное условие договора купли-продажи.
И какую согласуете в договоре, такая и будет, и в договоре будете писать про аванс или задаток- сколько в счет исполнения обязательств по договору купли-продажи, и в соглашении об авансе или задатке будете писать, в счет чего плата- и все конкретно.
И покупатель не обязан вам платить больше согласов. в договоре выкуп. цены с учетом задатка или аванса, он и не заплатит. и правильно сделает, и вы реш. суда не взыщите.
И если есть обязанность по НДФЛ, то можно применить один из двух налог. вычетов (стандартный или в размере расходов на приобретение).
И можно, если объект в долевой собственности продать каждому свою долю по отдел. договору и каждому заявить 1 млн вычет стандартный.
Вы пишите о себе во множеств. числе "продаем", - возможно вариант с продажей долей по отд. договорам позволит вам уменьшить значительно остаток. с кот. НДФЛ и соотв. НДФЛ.
Не говоря уже о возможности получить налог .вычет при покупке (если ранее не использовали такое право). если у вас после продажи покупка др. жилого помещения, и если в одном налог .периоде обе сделки, то взаимозачет так называемый будет.

Задаток НЕ возвращается одной стороной или в двойном размере другой стороной возращается ..Кто разводит на задаток? ст. 380,381 ГК РФ.. Афера ваша боком вам же и выйдет..