На каком оснавании, налоговая может отказать в вычетах за квартиру? Должны ли они делать запрос в банк, котором брали $

Относительно запросов в банк - ИФНС по Вашим документам проводит камеральную проверку, в ходе которой не обязана, но вправе (ст. 93.1 НК РФ) запросить у контрагента или у иных лиц, документы и информацию, касающиеся проверяемого налогоплательщика.
Относительно правомерности отказов, если справки 2-НДФЛ не совпадают по периодам, - если Ваш муж, на пример, подал в 2009г. заявление на вычет и возврат НДФЛ за 2006, 2007 и 2008г. г. , то в ИФНС надо представлять декларации 3-НДФЛ за каждый из этих периодов. А к деларации за каждый год нужно прилагать справку о доходах 2-НДФЛ за этот же год (если в конкретном году доходы получались в нескольких рганизациях, то справки 2-НДФЛ нужны от каждой из таких организаций) . Именно эти справки подтверждают факт уплаты и, значит, возможность возврата налога за конкретный год. При отсутствии подтверждения об уплате НДФЛ в конкретном году, ИФНС МОЖЕТ ОТКАЗАТЬ в вычете и возврате налога, но не вообще, а ТОЛЬКО за ЭТОТ год.
Удачи.

Вы имеете в виду имущественный налоговый вычет по сит. 220 НК РФ. Так тут много может быть оснований. Вам почему отказали?

Нет. По этому основанию они не откажут, если работодатели вашего мужа исправно подавали отчеты 2-НДФЛ и справки по этой форме есть на руках. Основное количество претензий - к документальному подтверждению затрат на приобретение жилья.

В течении года иметь доход, облагаемый по ставке 13% вы можете у нескольких работодателей, можете в этом году работать у одного работодателя, в следующем у другого. Все их можете приложить к декларации. Причина скорее всего в другом.
У вас был перерыв ("прошло 2 года")? За эти года были предоставлены декларации?
Вам отказано на основании чего? Уведомлении от налоговой вы получили?