Установил счетчик на горячую воду, в ЖКУ сказали что его не зарегистрируют, пока не поставлю счетчик и на холодную воду.

Работники ЖКУ вводят Вас в заблуждение. Взаимоотношения жителей с Управляющими компаниями регулируются Постановлением Пр-ва 354. В нем нет ни одного требования установить именно ДВА счетчика. Пояснения к ПП 354 имеет право давать Минстрой. Вот его пояснения относительно начислений по водоотведению http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_192370/ В нем, в частности, сказано:
-----------------------------------------------------
…. по мнению Минстроя России, при отсутствии индивидуального прибора горячей (холодной) воды и наличии индивидуального прибора учета холодной (горячей) воды, размер платы за коммунальную услугу по водоотведению, предоставленную за расчетный период в жилом помещении, не оборудованном индивидуальным или общим (квартирным) прибором учета сточных бытовых вод, определяется исходя из суммы показаний прибора учета холодной (горячей) воды и норматива потребления горячей (холодной) воды.
--------------------------------------------------
Как видите, отсутствие одного из счетчиков вполне допустимо.
Вам следует написать заявление о постановке счетчика гор. воды на учет. Писать в 2-х экз и один с отметкой секретаря оставить себе. Пусть УК письменно обоснует свой отказ.

Вот, у них и затребуй письменное обоснование отказа.

пишите письменно им заявление

Это как? ГВС по счетчику, а ХВС по нормативам? И кто это должен пересчитывать?

Ну не знаю насколько правы в ЖКХ, но совершенно не понятно почему не поставить счетчик и на холодную воду - выгода будет двойная

а канализацию вам как считать? нормативно-показательно? вы своим индивидуализмом их в тупик ставите. обратитесь письменно и требуйте мотивированный отказ в письменной форме... юристы УК вас в "красную папку" (папка с индивидуалистами) занесут.