Ипотечное агентство исключили из очереди молодая семья из за того что мы зарегистрировали на даче жилое строение.

плакать... зачем регистрировали..

Зачем регистрировали как жилое строение, а не садовый домик?
Вот теперь у Вас и есть - "жилье".

если в программу входят семьи, не имеющие жилья, то правильно исключили

ч. 9 ст. 54 217-ФЗ:
Расположенные на садовых земельных участках здания, сведения о которых внесены в Единый государственный реестр недвижимости до дня вступления в силу настоящего Федерального закона с назначением "жилое", "жилое строение", признаются жилыми домами. При этом замена ранее выданных документов или внесение изменений в такие документы, записи Единого государственного реестра недвижимости в части наименований указанных объектов недвижимости не требуется, но данная замена может осуществляться по желанию их правообладателей.

ч. 10 ст. 54 217-ФЗ:
В случае, если расположенные на садовых земельных участках здания, строения, сведения о которых внесены в Единый государственный реестр недвижимости до дня вступления в силу настоящего Федерального закона с назначением "жилое", "жилое строение", принадлежат гражданам, которые на день вступления в силу настоящего Федерального закона состоят на учете в качестве нуждающихся в жилых помещениях, признание данных зданий жилыми домами в соответствии с частью 9 настоящей статьи не является основанием для включения их общей площади при определении уровня обеспеченности общей площадью жилого помещения в суммарную общую площадь жилых помещений, занимаемых гражданином и (или) членами его семьи по договорам социального найма, договорам найма жилых помещений жилищного фонда социального использования и (или) принадлежащих им на праве собственности.
http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_221173/abfd730448b01c0bc65f4f7a848200fd080a7f8b/
----
Что именно и когда вы сделали: "мы зарегистрировали на даче жилое строение",- непонятно, неизвестно.
Кто именно и что сказал (?) на каком основании: "Они сказали что только решение суда., -непонятно и неизвестно.
-------------
С доками и фактами- на очную консультацию к юристу.

Все правильно с Вами сделали - Вы зарегистрировали ЖИЛОЕ строение - следовательно у Вас увеличился размер ЖИЛОЙ ПЛОЩАДИ, находящейся в собственности - и Вы потеряли право на льготы от государства

ДУМАТЬ НУЖНО. а потом делать