Где поставить запятую?

В этом тексте дополнительные запятые не нужны. И слово "предположительно" не выделяется запятыми, так как в данном предложении оно является наречием, а не вводным словом. А значение здесь таково: предположительно - основываясь на предположения. Если бы оно было вводным словом, то имело бы значение "может быть".

Первое славянское поселение на территории современно-
го города Москвы возникло в глухом бору на Боровицком холме
при слиянии двух рек – Москвы и Неглинной.
Это произошло предположительно во второй половине XI ве-
ка, а первое историческое упоминание о Москве как резиденции
киевского князя Юрия Долгорукого относится к 1147 году. Через
десять лет он обнес свое село деревянной оградой. Так появилось
поселение городского типа.
Еще через двадцать лет Москву сожгли половцы. С этого вре-
мени начинается длинная летопись вражеских нападений на Мо-
скву и периодических пожаров в ней. В 1238 году ее выжигает
Батый.
Казалось бы, надо уходить с такого несчастного места и ис-
кать нового, более спокойного и защищенного, но Москва упорно
возрождается из развалин и пепла, а с 1328 года становится сто-
лицей Московского княжества.

Это произошло, предположительно, во второй половине XI века, а первое историческое упоминание о Москве как резиденции киевского князя Юрия Долгорукого относится к 1147 году. - вводное слов "предположительно" выделяется запятыми. перед союзом "как" ничего ставить не надо, тк он имеет значение "в качестве" ( и уж никак не может быть деепричастным оборотом!) . и не нужна запятая, о которой говорится в ответе Segreto Inaccesso.

Все запятые на своем месте. Больше нигде не надо.

Где-нибудь))

а предложение где?

Первое славянское поселение на территории современно-
го города Москвы возникло в глухом бору на Боровицком холме
при слиянии двух рек – Москвы и Неглинной.
Это произошло предположительно во второй половине XI ве-
ка, а первое историческое упоминание о Москве как резиденции
киевского князя Юрия Долгорукого относится к 1147 году. Через
десять лет он обнес свое село деревянной оградой. Так появилось
поселение городского типа.
Еще через двадцать лет Москву сожгли половцы. С этого вре-
мени начинается длинная летопись вражеских нападений на Мо-
скву и периодических пожаров в ней. В 1238 году ее выжигает
Батый.
Казалось бы, надо уходить с такого несчастного места и ис-
кать нового, более спокойного и защищенного, но Москва упорно
возрождается из развалин и пепла, а с 1328 года становится сто-
лицей Московского княжества.

Сравнительный оборот со значением "в качестве" точно не будет обособляться. Если нужна еще запятая, то она, скорее всего, будет в первом предложении: "в глухом бору на Боровицком холме, при слиянии двух рек – Москвы и Неглинной"

не надо