Отцом молодого царя был Федор Никитич Романов видный государственный деятель и один из первых царских советчиков. Борис Годунов, захватив царскую власть, боялся, что этот влиятельный боярин сам пожелает предъявить права на русский престол как ближайший родственник умершего самодержца. Поэтому Борис подверг опале весь род Романовых. Федор был насильно пострижен в монахи и сослан на север. Там, как вспоминает очевидец этих событий, «ничего так не беспокоило опального боярина, как неизвестность о своей семье. И если он заговаривал с кем, то только о жене и детках: "Как вспомянешь их, так точно рогатиной в сердце толкнет. Прибрал бы их Господь к Себе, избавил бы от лютых страданий, я тому обрадовался бы и стал помышлять лишь об одной своей душе!"». Но до конца этому желанию Федора не суждено было сбыться. Из шести его детей выжил только один. Именно он — «новый царь Михаил, — как пишет о нем летописец, — излюбленный всею землею, стал залогом успокоения Церкви и государства».
Сам же Феодор Никитич, ставший в монашестве Филаретом, своей неправедной опалой завоевал себе симпатии простого народа, как незаслуженно униженный, оскорбленный, но с достоинством переносящий свое изгнание. Уже при Лжедмитрии I-м Филарета возвратили из ссылки и поставили митрополитом на Ростовскую кафедру.
