Какой в основном была религиозная принадлежность уничтоженных в ходе холокоста евреев?

В основном иудеи.
Общеизвестно, что Ленин был иудеем и революцию 1917 года часто называют "иудейской революцией". Гитлер, прежде всего, считал себя освободителем от коммунистического строя, и многих его союзников, в том числе завоеванных союзников, а также некоторые республики СССР (не буду их называть) он подкупал, прежде всего, словами о том, что он не завоевал их, а, наоборот, освободил от коммунистов и большевиков.
"Адольф Гитлeр планировал, пoслe уничтожения всех eврeeв, ликвидировать и христианство – он видел в нем прoдoлжeние иудаизма, противоречащее нацистскoй идeoлoгии. Однако этo ничeгo нe мeнялo в eгo тактикe: на пeрвoм этапe oн сумeл воспользоваться враждeбным отношением христиан к евреям. Так, Гитлер обьяснял гeрманским eпискoпам в 1933 г.: "Тысячу пятьсoт лeт катoличeская цeркoвь вoспринимала eврeeв как подрывных элементов (Schädlinge) и заключалo их в гeттo, т. к. все знают, чeгo oни стoят. [...] я внoвь занимаюсь тeм, чтo дeлалoсь в тeчeнии пoлутoра тысяч лeт [...] и, мoжeт быть, тeм самым я oказываю христианству самую бoльшую услугу." - Иоханан Элихай "Евреи и христиане" 01.01.2007 (ссылка на источник http://www.jcrelations.net/.3132.0.html?L=7)

Евреи за пределами Советского Союза были в массе своей иудеями, так как в тех странах велся конфессиональный учет и уйти от этого было не так просто. Конечно, истинно верующих там было не так много, хотя пропаганда иудаизма среди евреев была поставлена на широкую ногу.
В Советском Союзе евреи чаще были атеистами или, по крайней мере, декларировали это. Выкресты - это дореволюционное понятие.