Гнили могут вызываться разными видами бактерий и болезнетворных грибков. В зависимости от возбудителя бывает разная картина болезни растения.
Яркую ржаво-красную окраску может давать фузариоз:

Следует упомянуть так же фузариоз (возбудитель гриб рода Fusarium), который обнаруживается внезапно - кактус падает, цвет стебля кактуса меняется (становится красноватого, бурого или фиолетового оттенка) . Если достать растение из горшка, корни его обрываются, могут быть полностью сгнившие в зависимости от стадии. Кактус отравляют токсины, выделяемые грибами в сосудистую систему растения...
Если кактус длинный (высокий) , а гниль у основания, есть надежда, что верхушка у него еще здорова, и можно попытаться ее срезать и укоренить, и так спасти растение.
Надо резать сантиметра на три выше уровня гнили и внимательно осмотреть срез. Гнили особенно быстро распространяются по сосудам, и мякоть на срезе может еще выглядеть зеленой и здоровой, но коричневые точки - срезы пораженных сосудов - говорят о том, что инфекция сюда уже добралась. Если на срезе обнаружены такие признаки, надо помыть и дезинфицировать нож и резать еще раз, на сантиметр выше, и так, пока срез не окажется идеально здоровым.
Подробное описание, как черенковать кактусы:
http://www.flowersweb.info/cactusclub/practice/cloning.php
http://www.treeland.ru/article/home/kaktu/kak/4erenkovanie_kaktucov.htm