Как помочь орхидее, гниёт с низу, корней зелёных не видно, и начал гнить стебель на котором растут листья.

Долго Вы смотрели на погибающее растение: сейчас шанс "помочь" - близкий к нулю...
Вынимайте из этого непонятного субстрата и обрезайте всё чёрное.
На фото видно 2 отмирающих листа и четыре зелёных, включая маленький листик.
Странно, что Вы показали три фото с одного кадра, лучше было бы увидеть точку роста и общий вид растения.
Однако план действий это НЕ меняет.
Если при удалении черноты на стебле отпадут все листья, то ...увы! - шансов нет...
А вот если останется часть стебля - ну, я даю не больше 5 % на реанимацию...
Резать ЧИСТЫМ ножом, срез просыпать растолчённой таблеткой активированного угля.
Лучше, если ДО этого Вы покажете фото среза...

А что за субстрат у фаленопсиса? На чистую кору не очень похоже. Фаленопсис относится к эпифитным ("воздушным" ) растениям и в грунте выращиваться не должен. Доставайте растение из горшка и обрезайте все черное до здоровой ткани. Если от розетки с листьями что-то останется, то вполне можно будет реанимировать, лишь бы терпения хватило.
Реанимируют фаленопсисы без корней в "тепличке", которую можно сделать из любого прозрачного контейнера с крышкой, пустого аквариума, бутыли из-под воды, просторного плотного пакета и т. д. Розетку фаленопсиса устанавливают вертикально над небольшим количеством воды и помещают в тепличку, которую ежедневно открывают на 10 минут. Ежедневно проверяют место среза на наличие гнили. Корни образуются не очень быстро, поэтому придется подождать.

Всё жёлтое и гнилое обрезать и обсыпать углём. Когда ранки закроются смочить янтарной кислотой. Почитайте о янтарной кислоте для орхидей (в аптеке продаётся)
вот статья
http://www.glav-dacha.ru/yantarnaya-kislota-dlya-orkhidey-kak-stim/

может и поможет

УЖЕ НЕЧЕГО НЕ СДЕЛАТЬ. увы, вы ее залили и она сгнила. Из листьев ничего не добиться.