Как запатентовать сайт?

Скорее всего речь идет не о патенте, а об авторском праве на код сайта.
Вам нужно распечатать коды всех страниц сайта и обратиться в любую службу по регистрации авторских прав. Адреса можете спросить в юридических фирмах. Это там же где регистрируются авторские права писателей на их произведения, фотографов, художников и т. п.
Патент отличается от авторского права тем, что при регистрации авторских прав Вы платите деньги только один раз на всё время действия Ваших авторских прав. После окончания срока действия Ваших авторских прав, Вы можете продлить их действия за дополнительную плату, если такое продление не запрещено законом. (Не всё можно продлить до бесконечности. Наследники Пушкина и Толстого не владеют авторскими правами на произведения их великих предков. )
А вот за патент Вы должны будете платить регулярно деньги и порой немалые. Дело в том, что патент предполагает, что Вы будете Вашим сайтом регулярно сами зарабатывать деньги или продадите этот патент тем, кто будет извлекать из него прибыль. А авторское право регистрируется на вещи, которые могут и не приносить никакой прибыли.
Я понял так, что Вы хотите не прибыль получать, а только смотреть, чтобы никто такой же сайт не смог сделать. Поэтому нужны авторские права.
Правда должен заметить, что практически всегда можно сделать такой же сайт как другой, но по другому кодируя его. Поэтому зарегистрировав свои права на кодировку, Вы не убережете себя от того, что Ваш сайт повторят другие.
А если Вы зарегистрируете свои права на функциональность сайта, то это легко обойти сделав сайт, который работает как Ваш, но чуть-чуть не так.
Обычно этот прием используют производители микросхем. Когда по своему делают микросхему, которая работает ПОЧТИ также как оригинал. В свое время был очень громкий судебный процесс между фирмами IBM и Phoenix, когда Phoenix сделала микросхему BIOS для компьютеров IBM. Внутренняя структура микросхемы была совсем другой, а работала она как IBM-овская, но с одним несущественным для компьютеров отклонением. Фирма IBM проиграла этот судебный процесс и в результате наступила эпоха IBM-совместимых компьютеров, когда сторонние производители начали делать IBM-овские компы.

а вы не путаете патент и авторские права?

Сайты нельзя патентовать.

Доброе время суток, знаю что уже прошло 5 лет с этого вопроса, но я сейчас задался тем же вопросом, вы решили данный вопрос? что сделали? запустили ли сайт?