В каком формате закачивать видео в Контакт, чтобы при перекодировке звук не рассходился с видео как произошло у меня.

Вариант 1 (если съемка производилась вами на нормальную камеру и интернет через оптику) : в оригинальном, т. е. , в том, в котором снимали и захватывали или в нативном формате вашего видеоредактора, в котором монтировали видео.
Вариант 2 (если съемочный оригинал недоступен и/или интернет - обычный пролетарский ADSL): на большинстве видеохостингов видео конвертируется в формате FLV с видеокодеком Sorensen и аудиокодеком - ну, тут шире, может быть AC3, может быть MP3, может быть AAC, может быть ACM или GSM.

Таки вот, когда грузите ролик на сайт в абы каком формате, он конвертируется тупой и исполнительной железкой (вернее, целыми фермами, машинными залами таких железок) на потоке, видеоинженер не проверяет качество и артефакты. Ну пропала пара сэмплов, ну и хрен с ними. Ну выскочили квадратики - для машины это такая же информация, как и любой другой объект в кадре.
Поэтому я склоняюсь ко второму из предложенных вариантов, то есть FLV. Причем далеко не с первого раза. СтОит провести несколько заходов на перекодирование и выбрать тот экземпляр, который окажется оптимальным и по визуальному качеству (ну т. е. , чтоб человеческий глаз видимых косяков не уловил, а на видеоинженеров насрать, это такой народ, что и в машине в боковом зеркале "гребенку" видят) , и по объему - ведь среди аудитории могут оказаться люди не только на "оптике", но и на социальном ADSL, и на диалапе, и на 3G в зонах, где вышки 3G еще не запущены в коммерческую эксплуатацию.
Мдя, большое получилось лирическое отступление. Ну так вот, готовые FLV-шки сайт обычно не трогает и публикует как есть. То есть, если у вас рассинхрона не было, то и у зрителей рассинхрона тоже не будет.

МР4 Желательно.

или ФЛВ