Надёжно ли использовать Яндекс Диск в качестве хранения всех файлов?

Смотря для чего? Пароль хороший сделай и привязку к телефону и дополнительную почту для восстановления аккаунта для надёжности

надежно в шифрованном виде, для конфиденциальности.

Яндекс диск известен как минимум одним эпическим факапом, который в одном из обновлений удалял не только свою старую версию, но и все имеющиеся файлы на системном диске компьютера.

В конце ноября — начале декабря 2013 г. счастливые пользователи Яндекс. Диска были обрадованы тем, что их ОС либо наотрез отказалась запускаться, либо запускалась, но без установленных программ. Как выяснилось, всему виной оказалось обновление Яндекс. Диска, которое отличилось широкой русской душой и вместо папки со старой версией «Диска» удаляло весь диск C:, на котором тот находился. Что характерно, проблема возникала прежде всего у пользователей, нарушивших заповедь «Не работай под рутом», вот только у многих считающих себя умнее системных архитекторов Windows юзверей это — нормальная ситуация. Особенно доставили объяснения менеджера Яндекса, призвавшего пользователей не удалять Яндекс. Диск, потому что «патч Бармина» скрывался именно в модуле деинсталляции. Спешите видеть — Яндекс взял в заложники ваш жесткий диск и хладнокровно убьет его, если вы попытаетесь удалить захватчика! Позже, пытаясь спасти репутацию, всем юзерам пользовавшимся десктопным приложением раздали по двести халявных гигов места:
http://lurkmore.to/Яндекс#rmdir_.2Fs_.2Fq_C:.5C_.D0.B8_.D0.AF.D0.BD.D0.B4.D0.B5.D0.BA.D1.81..D0.94.D0.B8.D1.81.D0.BA
http://habrahabr.ru/post/204580/

Да. За более чем три года, всего пару очень мелких глюков со входом, которые исчезали в течении получаса. Всего объем хранимой информации 250 Гб.