Как правильно строить архитектуру папок с исполняемыми файлами при написании сайтов?

Зависит от того, как проект выглядел на этапе проектирования

На примере движка Shimmie
За все создание страницы и подключение необходимых модулей отвечает файл index.php, он находится в корне
В папке core находятся файлы с основными классами, основными константами и функциями
В папке images и thumbs хранятся, соответсвенно, изображения и превью к ним
В папке ext содержит папки расширений, каждая из которых имеет структуру из main.php, содержащий класс расширения, и script.js, содержащий скрипт, необходимый для работы расширения на клиентской части
Папка themes отвечает за хранение классов и скриптов графических тем этого сайта
В папке data хранятся данные, необходимые расширениям для работы
А папка lib содержит библиотеки и расширения сторонних разработчиков

Тут, как бы видно, что структура файлов и папок соответствует тому, что ожидается от сайта: хостинг картинок, функционал которого можно расширять отдельными независимыми друг от друга модулями

И ты должен отталкиваться от того, что конкретно ты ожидаешь от своего сайта, как ты собираешься оформлять код, каким образом ты собираешься разбивать его на составные и какой парадигмой ты будешь пользоваться.
Задача, стоит отметить, в неком роде творческая, но необходимая к выполнению, как генеральный ремонт по въезду в новую квартиру.

стандартно только так самое простое

index.php или index.html -- в корне
- \php\
- \js\
- \css\
- \css\iimages\
- \files\ - разное \files\media\ и тд \files\pdf\ files\photo\

ps -cms wordpress \ joomla и нектрые др уже сами создают структуру папок