Google Chrome как уникальная программа (точнее браузер, хотя нет Google Chrome)

Вам просто для саморазвития? Или действительно планируете заморачиваться? Во втором случае - глупость, т. к. файловых оболочек написано куча, среди них есть вполне себе расширяемые, с открытым кодом и возможностью добавления плагинов.

Если для саморазвития, я бы смотрел в сторону следующих путей (Хотя, в начале бы определился, почему именно хром? Он же памяти жрет немерянно).

1. Берем барузер с открытым кодом (в том числе открытым кодом движка). Тот же файрфокс.
Пишем то, что нам нужно, до посинения. Практической ценности не будет ни грамма, но в качестве изучения языка очень даже проект, намучаетесь знатно => поднимите уровень знаний.

2. Правим не альмаматер (исходный код), а пишем свой плагин, который будет "накрывать" отображение директорий и позволять банальные f3f4f5f6f8, хотя бы. Собственно, здесь, на мой взгляд, будет попроще, т. к. не придется отслеживать явные зависимости в исходном коде и не получите неотслеживаемые баги, переинициализировав какую-нибудь глобальную переменную из движка.

Тот путь, что видите вы, имхо, тупиковый. js позволяет работать с файлами, но... не для этого он. Даже не приходит какой-то пример в голову сразу, дабы показать всю глубину трагедии использования js.

И, возвращаясь к вашей первой строке:
Может быть проблема в том, что вы просто не можете подобрать себе адекватный файловый менеджер? Попробуйте тот же mc, far... Хотя, не - скорее вы привыкли к окошечкам. Попробуйте TotalCommander - вполне себе расширяемая и довольно тонко настраиваемая приблуда для винды.

Можно написать Chrome App на JS, для работы с файловой системой подцепив нативное приложение (его тоже придется написать самому, лучше всего для этого подойдет C++) и общаясь с ним через Native Messaging API. Подробнее: https://developer.chrome.com/apps/nativeMessaging

---

Но есть один нюанс - скоро гугл выпилит аппсы везде, кроме Chrome OS (они станут недоступны на Win, Mac, и Linux). Насколько знаю, уже опубликованные в магазине приложения, при этом останутся. То есть, возможность загрузки в браузер приложения из папки (в "режиме разработчика") должна сохраниться - только публикация/установка из магазина станет невозможна. Как-то так.

Ну, или можно оформить этот файловый менеджер как расширение, а не приложение браузера. Разницы почти нет: основная - в том что расширения менее "автономны", они работают только при открытом Хроме.