Отчего в названии согласных русского алфавита нет единой системы? Почему Бэ, Гэ, но при этом Эм, Эль.. . Ха, Ка?

Вероятно, потому, что ориентировались на латинский алфавит и производные от него.
В латинском алфавите именно так буквы и называются.

Причем надо помнить, что эти названия были придуманы вовсе не в 1918 году, как некоторые не очень интересующиеся культурой и историей своей страны считают.
В Письмовнике Курганова (СПб, 1793) говорится, что: по повелению императрицы Екатерины II при учреждении народных училищ в изданном «Российском букваре» 1788 года для «легчайшего изречения» показаны следующие названия букв: а, бе, ве, ге, де, е, же, зе, и, и, ка, эль, эм, эн, о, пе, ер, эс, те, у, эф, ха, це, че, ша, ща, эр, ы, ерь, е, ю, я, фе (буквы ер и эр так названы в тексте (перепутаны в источнике) . Из текста Письмовника видно, что названия, букв, оканчивающихся на е произносились мягко, поскольку о знаке, поставленном вместо избегаемой э особо говорится, что он произносится как немецкое или латинское e, значит русское е (де, зе, те… ) произносится как русское е, то есть мягко.
При этом Ша и Ща остались как были) )
В то время латинский был языком науки, французский - языком культуры, так что вполне логично, что их взяли за образец.
Хотя, справедливости ради, надо сказать, что и сами римляне не сами придумали названия для своих букв, а позаимствовали Кумский алфавит через этрусский.
http://ru.wikipedia.org/wiki/Латинский_алфавит

представляю.. . Эб... Эг... Эп