Если публикуешь книгу в Интернете (в виде web-страницы) , то где лучше поместить оглавление - в начале книги или в конце?

В начале, а лучше — сбоку (слева) как меню, связав главы ссылками (или якорями) .
Чтобы при клике по главе или переход был на нужную страницу или, если якорями, книга отматывалась до нужного места.
...
p.s. Книгу или делать на несколько страниц или пронумеровывать, например, главы или абзацы (например, каждый десятый) . Чтобы было легче ориентироваться где находишься на странице и иметь типа метки где остановился и где потом продолжить. Либо сами предусмотрите такие метки (написав скрипт (JavaScript+запись в куки)) .
...
> ОГЛАВЛЕНИЕ ЗАНИМАЕТ ТРИ СТРАНИЦЫ ФОРМАТА А4
Можно на списках (<ul><li>) сделать чтобы при клике по нему он сворачивался-разворачивался. Чтобы компактнее получилось.
Но можно и не заморачиваться. Создайте в начале, и снабдите ссылками.
Соблюдайте иерархию (отбивая подпункты)

Ну вообще-то всегда располагают в начале, чтоб это оглавление еще и активным было, что на каждую главу можно было кликнуть и спуститься

в начале однозначно!

Хоть три, хоть тридцать три страницы оглавления можно оформить в виде выпадающего меню. Тогда в собранном виде оно будет выглядеть компактно где-нибудь горизонтально над основным текстом. И не забудь в сам текст добавить якоря, чтобы можно было перемещаться от главы к главе, от раздела к разделу.
По второму вопросу: вспомогательную главу лучше разместить в начале. Можно сделать ее в виде карты изображений, тогда навигация будет наглядной и удобной, пользователям будет приятно возвращаться к ней.
Удачи!
PS Не забудьте об авторском праве))

в начале намного удобнее

В начале. . Всегда ставили оглавление в электронных книгах...

в начале

Вначале! людей заинтригует это

Лучьше на верху и внизу для того, чтобы егче было ориентироваться по книге