Почему доклад Хрущёва на ХХ съезде КПСС был опубликован только в 1989 году?

Потому что до этого времени все собрания КПСС были секретными. После этого уже можно сказать началась либерализация (первые попытки конечно при Хрущеве, но бесполезно) . Начали показывать по ТВ съезды КПСС, как сейчас показывают собрания Верховной Рады ( в Украине, не знаю как в России) . Тем более при Хрущеве не могли об этом объявлять, т. к. в своем докладе он критиковал только Сталина, и некоторых его приближенных, а не всю систему ( ну например сам Никита Сергеевич тоже принимал участие в некоторых репрессиях, сам был приближенным, но сам себя конечно же не критиковал) .

Много чего было было опубликовано только после Перестройки.

Отказ от публикации доклада был связан с рядом моментов.
1. Публикация доклада могла вызвать серьезное идеологическое и политическое напряжение. Основную массу населения страны составляли в то время созидатели социализма, победители в Великой Отечественной войне, среди которых авторитет Сталина был очень глубок. И, естественно, восприятие разоблачений Сталина не было бы однозначным. Ознакомление с докладом в закрытом порядке, без обсуждения, прежде всего через партийные организации, давало возможность контролировать ситуацию, избежать эмоционального взрыва, предупредить политическую конфронтацию.
2. Отказ от публикации доклада был обусловлен и тем, что гласное, широкое обсуждение вопиющих фактов незаконных репрессий вышло бы на коллективную ответственность за них руководства партии тех лет, ближайшего окружения Сталина. Это непременно сказалось бы на политическом авторитете президиума ЦК и лично Хрущева.
3. Разоблачение перед всем миром Сталина, который после войны стал весьма популярным в мировом общественном мнении, занял лидирующее место в мировом коммунистическом и рабочем движении, было чревато серьезными политическими издержками.