Вот объясните мне, почему Раскольников так страдал после убийства, ведь объяснения вполне достойные в его голове были...

Совершив убийство, Раскольников поставил себя в
противоестественные отношения к окружающим людям.
Он вынужден постоянно, на каждом шагу, лгать себе
и другим, и эта ложь, эта "игра" иссушают, опустошают
душу героя.
Преступлением Раскольников отрезал себя от людей.
При встреча Раскольникова с матерью и Дуней
Раскольникова охватывают то же ощущение
разъединенности, отчуждения.
Естественные формы общения даже с близкими людьми
кажутся ему невозможными: "Еще немного, и это общество,
эти родные, после трехлетней разлуки, этот родственный
тон разговора при полной невозможности хоть о
чем-нибудь говорить, стали бы, наконец,
ему решительно невыносимы" .

Но живая натура героя, не охваченная теорией,
увертывающаяся от ее беспощадной власти,
не выдерживает отчужденной позиции.
Вопреки убеждениям и доводам рассудка его
постоянно тянет к людям, он ищет общения с ними,
пытается вернуть утраченные душевные связи.
Но поведение героя невольно воспринимается со
стороны как подозрительное: от него отмахиваются,
его принимают за сумасшедшего.
В острые минуты душевной депрессии Раскольников
пускается в рискованную игру с Заметовым,
чтобы на мгновение испытать чувство свободы,
вырваться из подполья, из пустоты одиночества.
Раскольникова тянет к Разумихину, как к человеку живой
жизни, простому, цельному, энергичному и, главное,
добросердечному.
К нему он идет сразу после убийства, чтобы попросить
найти ему уроки для заработка, а на самом деле
ища живую душу, способную отозваться на его страдание,
разделить его муку.

Волей-неволей он плетет вокруг себя сеть неизбежных
подозрений. "Язык" фактов, материальные последствия
преступления герой легко уничтожил, но он не может
спрятать от людей "язык" души.
Желание чем-то заполнить душевный вакуум начинает
принимать уже болезненные, извращенные формы,
напоминающие тягу к самоистязанию.
Героя тянет в дом старухи, и он идет туда, еще раз
слушает, как отзывается мучительным, но все-таки
живым чувством в иссохшей душе звон колокольчика,
который в момент преступления глубоко потряс его.
Раскольников охвачен чувством страха, опасности
разоблачения. Он теряет контроль над собой,
падая в обморок в полицейском участке, заболевая
нервной горячкой.
В Родионе развивается болезненная подозрительность,
которая постепенно превращается в чувство одиночества,
отторженности от всех.
Глубину душевных мук Раскольникова суждено разделить
Сонечке Мармеладовой. Именно ей, а не Порфирию
решает поведать Раскольников свою страшную,
мучительную тайну.

Писатель находит удивительно точное выражение,
характеризующее внутреннее состояние Раскольникова:
он "как будто ножницами отрезал себя сам от всех
и всего". Казалось бы, улик против него нет, преступник
объявился.
Можно использовать украденные у старухи деньги для
помощи людям. Но они так и остаются в укромном месте.
Что-то мешает Раскольникову воспользоваться ими,
спокойно жить дальше.
Это, безусловно, не раскаяние в содеянном, не жалость
к убитой им Лизавете.
Нет. Он попытался переступить через свою натуру,
но не смог, ибо нормальному человеку чуждо кровопролитие
и убийство.
Преступление отгородило его от людей, а человек,
даже такой скрытный и гордый, как Раскольников,
не может жить без общения.
Но, несмотря на страдания и муки, он отнюдь не
разочаровывается в своей жестокой, нечеловеческой
теории.
Напротив, она продолжает властвовать над его умом.
Он разочаровывается только в себе самом, считая,
что не выдержал испытания на роль властелина,
а значит, увы, относится к "твари дрожащей".

Читай книгу заново и поймешь.

Потому что, в отличие от Наполеона, не был артиллеристом...

Вот что-то сдается мне, что Наполеон, даже будучи в стесненных обстоятельствах, не стал бы убивать топором двух женщин, одна из которых еще и беременна.

Здесь две линии, всё-таки.
Во-первый, условно скажем, христианская - не имеет права человек решать, кому жить, а кому -нет. Нельзя оправдать логикой и здравым смыслом бесчеловечность. Это вообще в творчестве Достоевского прослеживается. Помните этот вопрос из "Братьев Карамазовых": "Стоит ли счастье всего человечества слезы одного замученного ребенка?" И при такой постановке вопроса то, что Родя страдал после убийства - понятно. Тем более, убил он без гнева, даже без корысти, в общем-то.
Другая линия - идеологическая, в рамках теории о Сверхчеловеке. Тут да, как уже сказано выше, Родя "права не имел".
Думаю, не случайно в романе нет логического опровержения теории о Сверхчеловеке. Да ее и не может быть. Возможно, этим ФМ как раз показывает, что несоответствие лежит в сфере чувств, души, человечности. И тот, кто идет этим путем, убивает в себе человека.

гордыня

Потому что он не был из группы тех самых "избранных", которым дозволено менять мир, даже через трупы люедй.

потому что он тварь дрожащая