Зачем Бегемот и Азазелло избили Варенуху в сортире?? Почему не замочили?

Установка была - напугать. Кстати, в данном случае "Бегемот" лучше писать с большой буквы.

времена были добрее и гуманнее-сейчас бы замочили в особо извращенном виде

не захотели грех на душу брать

А тут надо просто смотреть в корень. Ведь простодушный администратор Варенуха по факту был положительным и честным персонажем, которые попал под влияние времени, и начал подпевать прохиндеям из варьете.
Ну типа "забурился не в свой хоровод" и его надо было "поставить на место", Показать ему, кто он такой.
Обратите внимание, что каждого персонажа ставят на место своим, индивидуальным подходом!
Босого - развели как лоха. А он то считал себя таким, ну типа всё знающим и умеющим, типа прожжённый был. И уже потом он (по старому дореволюционному воспитанию) понял что это была нечистая сила. Ну уже когда на допросе был.
Римский думал что он сможет всё "разрулить", и вот тут его так запугали, что он "ум потерял".
А Варенухе.... так ему было достаточно простой шпаны. Надавали ему оплеух, а потом... кстати, эпизод с Геллой и превращением его в вампира, взят из гоголевских рассказов.
А убивать его было нельзя, не было у них на то разрешения. Помните же фразу: "Ты бы не имел надо мной ни какой власти, если бы не было тебе дано свыше".
А ведь Булгаков был сыном профессора богословия. По любому это сказалось на его произведениях.
Кстати, Варенуха один из немногих персонажей этого произведения, который стал лучше после этого происшествия.
Проходит время и Варенуха превращается в образцового администратора театра, контромарщики называет его “благодетелем”, люди удивляются вежливости и душевному отношению работника к окружающим. “В какое бы время кто бы ни позвонил в Варьете, всегда слышался в трубке мягкий, но грустный голос: “Я вас слушаю… Я к вашим услугам… ”. Изменившийся Иван Савельевич “приобретает всеобщую популярность и любовь за свою невероятную отзывчивость и вежливость”. Естественно, что герой страдает от своей доброты и отзывчивости, но обещание данное нечистой силе он не нарушает.