Почему Фауст в конце произведения был помилован?

Ради чего идет на сделку с чертом Фауст? Конечно, не из-за личных выгод: золота, власти, славы и т.п. Фауст жертвует своей душой ради цели своей жизни — лучшего будущего для людей.
Но сделка с чертом — это уже выход за пределы человеческого. Ради человека — но за пределы человека. Фауст готов к этому: “Я сын земли./И до иного света мне дела нет”. Мефистофель правильно замечает: “Там легче будет, при таком воззренье,/
Тебе войти со мною в соглашенье”.

По существу всё произведения Гете о Фаусте — анализ того, можно ли идти на сделку с чертом ради высокой цели.
Фауст и в момент смерти терпит крах: “Часы стоят/...Молчат, как ночь./Упала стрелка. Делу не помочь.../Все кончено./А было ли начало?/Могло ли быть? Лишь видимость мелькала...”
Но ангелы отбивают душу Фауста у Мефистофеля: “Спасен высокий дух от зла/Произволеньем Божьим./Чья жизнь в стремлениях прошла,/Того спасти мы можем”.

И в этом, на первый взгляд оптимистическом финале заключено самое ужасное. По Гете, Бог, не отдавая Фауста аду, как бы подтверждает, что Фауст был бессилен и потому не виноват. Мир на Земле никогда не может стать раем. Иначе потеряет смысл решение Бога об изгнании первых людей из Небесного рая. Земля должна быть для людей не раем, а источником испытаний, в ходе которых человек доказывает своё право на рай Небесный.
Прощая Фауста, Бог тем самым подтверждает, что на Земле невозможно построить рай. Невозможно сочетать счастье отдельного человека со счастьем всех. И, естественно, Фауст не мог — даже с помощью потусторонних сил — сделать невозможное.
Вот так и кончается “Фауст”. Взаимоисключающими идеями. Идеей о необходимости для человека постоянно бороться за лучшую жизнь на Земле. И идеей о невозможности устройства счастливой жизни на Земле — ни с помощью разума, ни даже с помощью черта.

потому, что его отмолила Маргарита

Благодаря заступничеству Гретхен-Маргариты.

он обосновал свою жизнь

А за что его распылять?)

потому что автор книги немецкий оккультист и намеренно ввел читателя в заблуждение