В связи с чем некоторые станции метро в Москве сделаны в виде переходов?

Ой, насчет большинства не знаю.
Если посмотреть внимательно, то набираются примерно 4 разновидности:
1) Вход - отдельно стоящий павильон (Комсомольская, Театральная, Университет, ВДНХ, БотСад, маленькие павильоны по Арбатско-Покровской линии) . Такое строили в самом начале, либо в тех случаях, когда станция расположена на открытом месте (в парке)
2) Вход, встроенный в здание. Эта схема использована на многих станциях в районе плотной городской застройки (Проспект мира, Красные ворота (восток) , Курская-рад) . В Новосибирске - Заельцовская (юг) , по 1 выходу на Маршала Покрышкина, Студенческой и Пл. Ленина.
3) Вход через подземный переход, который остается открытым на ночь - десятки станций. На мой взгляд, очень удобно, т. к. вместе со строительством станции появлялся и нормальный переход под оживленной трассой
4) Облегченный павильон пересадочной схемы на станциях у самой поверхности или вообще на поверхности. Больше всего их на филевской линии, есть в Выхино. В Новосибирске с определенной натяжкой к этому относится Речной вокзал.

Почему использовался тот или иной вариант? Из чистого прагматизма. Где как было удобнее, там так и построили.

У нас тоже полно в Санкт Петербурге станций без надземных павильонов - например Ленинский проспект или Проспект Ветеранов . Удобно, все пользуются и не задают вопросов . А Купчино совсем вместе с железнодорожными путями идёт наземным путём .
В Новосибирске я и не помню павильонов - там только есть в здании вход в метро на Красном проспекте где то около Дома Офицеров - думала издалека, что магазин там - народ входит и выходит, а на площадях именно подземным переходом и на Гарина Михайловской и на Площади Ленина на Красном проспекте - ныряешь в переход и ты уже в метро едешь куда надо - только там много ларьков, которые меня раздражали, даже книжные ...

так как они служат еще и переходами - че тупишь - соображалка сломалась?

Станции мтеро в виде зданий были построены в 30, 40,50, 60 годы После этого строили только виде переходов Только шут их знает в связи с чем