А как все-таки поведут ж/д или ветки метро от одного вокзала к другому через самый центр Москвы?

Веток метро между вокзалами и так много. Например от Павелецкого до Белорусского без пересадок можно доехать по 2 разным веткам.
С железной дорогой сложнее. Там более крупные вагоны и контактная подвеска сверху - нужны тоннели большего диаметра, там изначально требуются более пологие подъемы и повороты по сравнению с метро. И туалеты (где не закрыты) пока не переделаны на замкнутые системы. Под небом не так страшно - со шпал все дождик смоет. А в тоннеле как все это чистить? Короче проблем очень много и в ближайшее время не стОит ожидать новых диаметров под центром Москвы.
Намного реальнее наземные варианты. В их числе прокладка соединительной ветки, позволяющей свернуть с Рижского на Савеловское направление (Ржевская - Тимирязевская), и реконструкция хода Бирюлево - Царицино. Это позволит наконец реализовать проект центрального пересадочного узла аэроэкспрессов на Каланчевской.

Белорусский с Савёловким очень давно соединены ж/д веткой и даже электрички "сквозные" одно время ходили...
Так что всё новое - это хорошо забытое старое. Главное - про это "старое" узнать и выдать за свою "гениальную" мысль!

С двумя направлениями рижское и курское (там такие поезда уже ходят) и белорусское - савеловское, которое обещают сделать в два год ясно - там инфраструктура есть, остальные позднее. Остальные - скорее всего по трассам существующих сочинительных линий, Наверное потребуется их усиление (может со строительством дополнительных путей), но это немногие километры. Что касается ярославского и казанского - скорее всего для сквозных электричек они останутся в стороне (сть такая ветка с Николаевки чероз Москву 2 (Митьково), как сейчас Рижский вокзал, где с курского электрички идут через Ржевскую. и думаю, что будет крупный пригородный узел Каланчевская. (но это пока мои домыслы), но это все коротенькие кусочки, а не километры тоннелей, и еще из всего пока реальных только два первых, остальные на многие годы и они еще не один раз изменятся, но а Путину показали это.