По какому принципу нумеруются маршруты автобусов, троллейбусов и трамваев? Почему некоторые номера пропускаются?

Сам занимался таким вопросом раньше, но не понял до конца

Тут уже верно заметили, пропущенные номера (единичные) могут быть у отменённых маршрутов. Ну или, например, был в Москве автобус № 666, чересчур "благочестивые" граждане добились, чтобы ему поменяли номер (стал 616).
А если пропущен целый диапазон - это обычно делают, чтобы различать маршруты городские, пригородные и т.п.
Обычно 1-20 - маршруты городские, от 30 до сотни - пригородные и межрайонные внутри области, свыше 100 - межобластные, но вообще в каждой области по-своему.
Когда-то в Москве были городские с малыми номерами (до 199), на 200 - пригородные. Когда городских номеров стало не хватать, все 2** скопом переименовали в 5** (последние цифры сохранились). Стали городские до 299, потом и этих не хватило. 300-400 к тому времени заняли областные маршруты, так что городские пошли от 600 и выше.

А сейчас всю систему переломали, стало невозможно по номеру определить категорию маршрута.
Теперь же с вводом т.н. "Магистрали" (пока только в двух округах) 1я цифра стала обозначать округ. Стало совсем неудобно: маршруты с похожими номерами ходят вместе. Ещё и буквы добавили, чтобы отличать экспрессы, магистральные и социальные.

По возрасту

По принципу "как получится". И это СИЛЬНО зависит от размера транспортной системы.

А пропущенные номера -- это чаще всего отмененные маршруты. В городке среднего размера, где я родился и вырос, например, были маршруты 1, 3, 4, 5, 6, 8, 9, 10 и т.д. Маршрут номер 2 отменили на моей памяти. Маршрут номер 7 помнили только мои родители (то есть его закрыли либо до моего рождения, либо когда я был совсем маленький).И так далее и тому подобное...

Что бы врага запутать!

У нас другая проблема 205 номеров аш три штуки с литерами но невнимательный или не местный пассажир может спокойно на кольце не в тот сесть.