Вопрос к сайтостроителям! Сколько файлов должно быть в среднем сайте?

Довольно размытый вопрос. Для примера сайт может содержать всего один файл. HTML страница, в которой css и javascript прописаны в теле этого же документа.
Если сайт динамический то минимум одного php файла.
Если брать готовые движки сайтов вроде wordpress, joomla, drupal и т. п. То там где-то от 2000 до 25000 файлов, смотря какой.

Но мне кажется что вас мучает вопрос почему ftp менеджер так долго грузит файлы.
Если да, то потому что их много, был бы один но весом 1гб, то он загрузится в разы быстрее чем 100000, но общим весом в 1мб.

Теперь о причинах, во первых ftp или sftp не самый быстрый протокол.
Во вторых серверу нужно создать каждый каталог, подкаталог и т. п.
В третьих огромное число записей на диск сервера, помимо самих файлов, сервер пишет логи, это кто подключился к серверу, создан каталог, начата передача, завершена... и т. п. А это каждый раз обращение к файлами журналов, все что у вас выводится в filezilla.
Помимо этого может стоять фаэрвол на сервере, который проверяет каждый передаваемый вами запрос на наличие уязвимости.

Если хотите быстрее, то...
Если у вас свой сервер или vps\vds скачайте файл на сервер в zip архиве и через консоль сервера распакуйте.
Если у вас аренда хостинг и доступа к консоли нет, то там как правило есть файловый менеджер, через который можно залить zip файл, распоковать и переместить как вам удобно.
При 50000 файлов это в разы быстрее

От 1 до нескольких миллионов

Средний сайт динамически формируется скриптами из БД. Файлов там может быть вообще 1.

1) файлов обычно дофига
2) обычно файлы текстовые и поэтому небольшого размера и заливаются относительно быстро но 50000 файлов за 2 часа это капец как медленно если конечно это не картинки и видео по 4 Гб каждое
3) вобще скорость зависит от хостинга и от тарифа т е если на премиум тарифе на платном хостинге у вас такая скорость и вы заливаете текстовые файлы то у вас хостинг говнo а если это бесплатный хостинг то так и должно быть
4) круглый шар какого нибудь размера только не бесцветный какого цвета и размера ?

От 1 и больше. Нет среднего.

Раиса, меня давно мучает вопрос, на который Вы наверняка сможете ответить: сколько стоит среднее платье на среднюю девушку?