Чтобы создать сайт требуются эти совокупности знаний? Если да, то что входит в каждую совокупность?

Зависит от того, что вы создаёте. Сайтов бывает много: лэндинги, визитки, вэб-морды к сложным системам, и так далее...
Для создания визиток достаточно уметь украсть шаблон и переписать текст на нём (по сути из перечисленных вами знаний используется только вёрстка). Для более сложных и уникальных проектов может потребоваться и создание дизайна с нуля (создания макетов в Sketch/Photoshop). Иногда сайты должны работать с данными, а не быть просто одной страничкой (тогда уже требуется знать какой-нибудь язык программирования для бэкэнда: Perl, C#, PHP и умение обращаться с БД (знать SQL)).
Зачастую сайты хостятся на хостингах, где уже сисадмины за вас всё настроили и знать серверное администрирование не обязательно, но если это не так, то нужно уметь пользоваться ОС, которая стоит на сервере.

Короче, знать это всё чтобы просто создать сайт вообще не обязательно.

html,яваскрипт, php и работа с базой данных

серверное...? не... из него надо знать тока адрес фтп, логин и пароль...
архитектуру...? да там тоже в 99% одинаково всё построено. из всех 200 принципов архитектуры исп-ся тока 1...
дизайн и макетирование... ну это скорее дело вкуса... от природы талант... научить такому невозможно в принципе... ну разве что вбить в голову, что вот должен быть футер, в котором должна быть дата создания сайта... но это уже даже не смешно!
а вот верстка с программированием - вот это уже не объедешь, как не старайся! вот эти пункты ключевые!