как начисляется северная надбавка за службу на дальнем востоке?

Начисляется гораздо более замороченным (геморройнным) способом, нежели просто за выслугу лет.

Регулируется Приказом Министра обороны РФ от 30.06.2006 N 200 (ред. от 24.07.2009) "Об утверждении Порядка обеспечения денежным довольствием военнослужащих Вооруженных Сил Российской Федерации"

в местностях, приравненных к районам Крайнего Севера, и других местностях с неблагоприятными климатическими или экологическими условиями, в том числе отдаленных, где установлена указанная надбавка, выплата ее производится в размере 10 процентов за каждые шесть месяцев военной службы.

Отсылка идет, в том числе, на нормативные акты Правительства и Минтруда в части аналогии с надбавками для лиц, работающих в указанных местностях, по трудовым договорам:
Периоды военной службы (работы) для выплаты надбавок военнослужащим, проходящим военную службу в отдаленных местностях, где эти надбавки установлены, исчисляются в порядке, установленном пунктом 5 статьи 13 Федерального закона от 27 мая 1998 г. N 76-ФЗ "О статусе военнослужащих", Постановлениями Совета Министров - Правительства Российской Федерации от 7 октября 1993 г. N 1012 "О порядке установления и исчисления трудового стажа для получения процентной надбавки к заработной плате лицам, работающим в районах Крайнего Севера, приравненных к ним местностях и в остальных районах Севера" Правительства Российской Федерации от 26 июня 1999 г. N 692 "О порядке зачета срока военной службы в местностях с неблагоприятными климатическими или экологическими условиями в стаж работы для получения процентной надбавки к оплате труда" и Министерства труда Российской Федерации от 16 мая 1994 г. N 37 "Об утверждении разъяснения "О порядке установления и исчисления трудового стажа для получения процентных надбавок к заработной плате лицам, работающим в районах Крайнего Севера, приравненных к ним местностях, в южных районах Дальнего Востока, Красноярского края, Иркутской и Читинской областей, Республики Бурятия, в Республике Хакасия" с учетом особенностей, определенных настоящим Порядком.

В зависимости от района дислокации в/ч.

Порядок начисления процентной надбавки за военную службу в районах Крайнего Севера, приравненных к ним местностях и ...в том числе Дальнего востока установлен ст. 284,285 и ст. 292-299 Порядка обеспечения денежным довольствием военнослужащих Вооруженных Сил Российской Федерации (Приложение к приказу Минобороны РФ от 30 июня 2006 г. N 200). Размер надбавки в южных районах Дальнего востока установлен Постановлением ЦК КПСС СовМин СССР ВЦСПС от 9 января 1986 г. N 53, - не свыше 30 %