помогите советом?

после операции положена отсрочка на 6 месяцев и более от сложности реабилитации.
даже от апендикса отсрочка 6 мес.
удачи в борьбе с военкоматом

В вашем случае призвать в арию не могут, положена отсрочка до полугода после такой операции. К тому же он учится в летном училище, это тоже отсрочка, но уже по учебе. А грамотно надо на комиссии заявить о том, что НЕ согласны с их решением о призыве и будете оспаривать его в СУДЕ. Немедленно подавайте в суд, правда на вашей стороне.

Сколько формируются швы не имеет значения - после такой операции должны дать отсрочку шесть месяцев. Кстати какая степень варикоцеле у него была? Если третья или четвертая то могли бы вообще не оперироваться - вас бы признали не годным.
Сейчас же вы можете спокойно требовать отсрочку на пол года. Если призывной комисии еще небыло то вы можете пойти с сыном на нее и потребовать отсрочки ссылаясь на расписание болезней. Или же проинструктировать его что б мог сам защитить свои права. Если же комисиия уже была и признали годным, или же нежелают слушать ваши доводы то обжаловать ее решение в суде либо областной комисии. Других способов отменить уже вынесенное решение нет.
P.S. "В военкомате не слушают и слушать не хотят" - это потому что вы сами не хотите быть услышанным. Там сидят очень не глупые люди которые видит что вы пришли полным нулем - ничего не знали не знаете и не хотите знать про свои права.