Мы подали жалобу на решение ПК в суд. Скажите почему судья районного суда предлагает сначала обжалова решение в краевой

Он имеет право предложить вам обжаловать решение ПК вашего военкомата в вышестоящем военкомате. Но, если вы этого не хотите делать. то вы можете отказаться и тогда судья обязан принять ваше заявление.

Странный какой то у вас судья, вы что с ним знакомы и лично беседовали?

Все верно Наталья Зайцева написала. Вы вообще одновременно можете подавать заявления - и в вышестоящую ПК, и в суд. Просто в суде шансов на исход рассмотрения в вашу пользу больше.

1. Судья отказывает в принятии искового заявления в случае, если:
1) заявление не подлежит рассмотрению и разрешению в порядке гражданского судопроизводства, поскольку заявление рассматривается и разрешается в ином судебном порядке; заявление предъявлено в защиту прав, свобод или законных интересов другого лица государственным органом, органом местного самоуправления, организацией или гражданином, которым настоящим Кодексом или другими федеральными законами не предоставлено такое право; в заявлении, поданном от своего имени, оспариваются акты, которые не затрагивают права, свободы или законные интересы заявителя;
2) имеется вступившее в законную силу решение суда по спору между теми же сторонами, о том же предмете и по тем же основаниям или определение суда о прекращении производства по делу в связи с принятием отказа истца от иска или утверждением мирового соглашения сторон;
3) имеется ставшее обязательным для сторон и принятое по спору между теми же сторонами, о том же предмете и по тем же основаниям решение третейского суда, за исключением случаев, если суд отказал в выдаче исполнительного листа на принудительное исполнение решения третейского суда.
2. Об отказе в принятии искового заявления судья выносит мотивированное определение, которое должно быть в течение пяти дней со дня поступления заявления в суд вручено или направлено заявителю вместе с заявлением и всеми приложенными к нему документами.

У Вас есть мотивированное определение суда об отказе в приеме искового заявления?
Может у вас есть вступившее в силу Постановление суда по Вашему делу?
Если нет ни того, ни другого, - значит Вы не обращались в суд. То, что вам судья сказал в личной беседе ничего не значит. Вы можете настоять на приеме и регистрации заявления, если оно правильно составлено.