Подскажите пожадуйста насчет военкомата

Да, обязан! В противном случае, не удивляйся, если тебя отчислят и привлекут к уголовной ответственности за уклонение.

За уклонение от прохождения обследования по направлению призывной комиссии существует как минимум административная ответственность в виде штрафа 500р по статье 21.6 КОАП, а как максимум, если будешь упорствовать, то и к уголовной ответственности могут привлечь. Отсрочку тебе на время обучения в магистратуре могут предоставить, но только после того как будет определена категория годности.

И настоятельно не советую тебе в ПНД прикидываться настоящим клиентом этого учреждения. Проблем потом можешь нахвататься по жизни.

Ответы на твои вопросы:
1. Да, должен проходить обследование и являться в военкомат по повестке. Только возьми с собой документы, подтверждающие, что ты продолжаешь обучение в ВУЗе, имеющем соответствующую лицензию. Представь себе, что в военкомате может не быть сведений о твоём дальнейшем обучении, ведь ни ты, ни ВУЗ об этом не сообщили.
2. Представь документы, подтверждающие твоё право на отсрочку, и проблемы будут решены после определения твоей группы годности к военной службе. Это необходимо для определения что с тобой делать - или предоставлять отсрочку или освобождать от в/службы в связи с негодностью.

Зачем вообще по дурке косить? Есть прекрасная 43 статья.
Мне на май 2013 повестку написали (с результатами обследования прийти) . До сих пор "иду". Звонят иногда, говорю что обследуюсь.

иди служи и будешь на сессию приезжать домой.

Тут тонкость в том, что дается лишь одна отсрочка от армии, но вот я хз пролонгируется ли она при поступлении в магистратуру. Скорее всего да (у меня много знакомых, которые шли в магистратуру на время решения проблем с военкоматом) .
Пройди ПОЛНОЕ медицинское обследование, найди основания для освобождения от службы. Абсолютно здоровых людей нет. 95% - прокатит.