Можно ли выбрать где работать и на какой должности или куда скажут туда и пойдешь? Альтернативная служба.

За вас все решат. Граждане должны быть безмолвны и наличие собственной позиции - это уже страшно и угрожает существующему строю. Вы же в России живете, а не в демократических станах, сами могли бы догадаться, что у ВАС НЕТ СВОБОДЫ ВОЛИ и быть не может.
АГС - это иллюзия свободы выбора. Выбора на самом деле нет вообще, в любом случае придется служить тоталитарной, милитаристской стране, где вас пустят в расход власти имущие при их желании. Радуйтесь, если будете больны, может тогда сэкономите свое время и раньше всех своих сверстников сделаете себе карьеру и купите квартиру. (может даже свалите из этого кошмара, потому что вашим детям тут тоже придется жить, если они будут).

Сам ты конечно ничего не выбираешь, а при определении места прохождения АГС Роструд МОЖЕТ по возможности учесть ваше образование или ОФИЦИАЛЬНО полученную специальность. Есть утвержденный Правительством РФ перечень предприятий и организаций, где вообще возможно прохождение АГС и далеко не факт, что например в каком-то из них будет должность программиста для АГС-ника. А тем более в родном городе. И Роструд вообще НЕ ИМЕЕТ ПРАВА направить тебя в иную организацию, которая не входит в этот перечень. А военкомат ОБЯЗАН выполнить предписание Роструда.

В общем если тебе вообще разрешат замену военной службы на АГС, то работать ты будешь скорее всего на низкооплачиваемой и малоквалифицированной должности типа санитара в госпитале для инвалидов или психбольнице, ну или как вариант почтальоном в каком-нибудь самом дальнем селе муходрищенского уезда.

Нет, твое желание учитываться не будет... Да и программистов сейчас пруд пруди..

Нет, выбирает военкомат, по списку, представленному службой труда и занятости.