Что будет если в TWRP recovery зайти в wipe и очистить system что будет. Он удалит систему? или просто всё лишнее?

Прошивки не будет, а по другому - кирпич будет.

Всё лишнее да

Может поздно, но все равно дополню ответ, может кому нибудь будет полезным Удаляет систему. Телефон становится почти полностью чистым от системы, кроме базовых системных файлов и файлов рекавери.
Дальше тем, кто как я очистил все и превратил телефон в кирпич. По своей неосведомленности я очистил все и перезагрузил телефон. Телефон стал кирпичом. Кроме логотипа марки на экране ничего не было, экран постоянно был включен и он грелся прилично. При попытке войти в рекавери, он только перезагружался. Подумал что все приехали... Порылся в инете, установил юсб драйвера и sdk. Не знаю что потом произошло, но после очередной попытки он загрузил рекавери. Слил на телефон прошивку и установил систему. Когда заливал в телефон прошивку, он был пуст как никогда. показывал - свободно 52,4 из 52,4ГБ. Была только одна папка, от рекавери и все.
Ps. Я совсем новичок в этом деле, так что...

Тоже поздно пишу, но все же напишу. Wipe на разделе /system очистит этот раздел - на то он и Вайп (с англ. Очистить). Останется только раздел пользователя (Data) и раздел кэша (Cache), которые без /system без полезны. Если вычистить эти разделы (Data, System, Cache и др. (если есть)), то в памяти устройства останется только Рекавери. Режим загрузчика, если я не ошибаюсь, сидит на плате, как и BIOS в ПК. Но это не означает что его нельзя угробить - любую память, даже как WindowsApps в Win под серьезной защитой, которые на неё "наклали" Майкры, хоть и самым безрассудным способом, но стереть с леца Земли возможно. Поэтому ради любопытности посмотреть такие места можно, но "ковырять" их не рекомендую - потеря платы/схемы хуже "кирпича...