Можно ли как-нибудь узнать что человек удалил WhatsApp?

можно спросить, больше никак

Конечно можно. Берете крепкую веревку, стул, утюг, паяльник, пассатижи....
Словосочетание "сквозное шифрование" вам о чем нибудь говорит?
Хотя.... Файловая система любого компа работает так:
Есть куча файлов у которых есть имена. Для примера возьмем фильм: "порно. mp4" весом 1Гб. Если вы удаляете его из памяти, то компьютер стирает название "порно. mp4" в файловой системе и отмечает 1Гб места на жестком диске как свободное для записи. Если вам очень захочется посмотреть еще раз это кино, то есть специальные программы, которые востанавливают такие "безимянные" файлы. Там даже параметры задать можно. Например: только видео более 900Мб или только фото позднее 01.01.2018. Но есть ограничения - файлы часто бывают битыми, т. к. иногда на этот 1 Гб успевает частично что то записаться.
Современный телефон по сути тот же компьютер. Все что хранилось в его памяти можно вытащить таким методом. Вот только возможно вы сможете вытащить удаленные файлы в зашифрованном виде. И телефон придется отобрать у человека пока он не установил какую-нибудь игрушку или мелодию поверх нужных вам файлов. К тому же сейчас легко можно нарваться на вирус-вымогатель, вместо описанного мной выше ПО. В общем сложно, успех маловероятен и есть риск остаться без компа. Наверное паяльник, утюг и пассатижи все же надежнее.