есть ли разница, если слушать на домашнем кинотеатре музыку одного и того же формата и качества с флешки и с диска(dvd)

Лучшие форматы по качеству - flac, ape, wavpack... Про них в Википедии написано подробно, прочитай.. .
Не знаю, что у тебя на флэшке и DVD...
Хотя, если у тебя это -
"Dolby Digital (AC-3, ATSC A/52) (До́лби Ди́джитал) — система пространственного звуковоспроизведения, разработанная фирмой «Dolby Laboratories, Inc.» («Dolby Labs»), руководимой Реем Долби, пионером аудио- и видеопромышленности.

Формат стандартизирован Advanced Television Systems Committee, ему присвоен код A/52, Dolby Digital (DD) является торговой маркой.

Современные системы Dolby Digital предоставляют шесть каналов объёмного цифрового звука. Левый, центральный и правый фронтальные каналы позволяют точно определить позицию источника звука на экране. Отдельные «разделённые» левый и правый задние боковые каналы усиливают ощущение присутствия, создавая объём. А дополнительный низкочастотный канал добавляет накал действию на экране.

В киноиндустрии звуковая дорожка Dolby Digital кодируется оптически прямо на киноленту в промежутках между перфорационными отверстиями. Размещение цифровой звуковой дорожки на том же носителе, что и фильм, позволяет ей сосуществовать вместе с аналоговой дорожкой без привлечения дополнительных носителей данных, а также обеспечивает абсолютную синхронность изображения и звука. "
Тогда вопрос исчерпан...

А ты уверен, что на флешке формат музыки тот-же, что и на dvd?

Да нет наверное!

нет разница только в носителях, это все равно что принести домой один и тот же хлеб в пакете или в сумке