Почему на колках 4,5,6 струны 2 отверстия под струну, а на 1,2,3 одно?

потому что или вся планка менянная, или сами валы. какая менянная может быть можно понять сняв их. тут вообще судя по всему все колки меняны. отверстия под струны не совсем там, где надо бы.
справа мне так видится вообще поставлены валы, предназначенные для торчания сверху на башке-лопате, а не вставления в башку с окнами.
вставляй в дальнюю от шестерни дырку, 1й оборот струны к центру, потом зажимаешь след. витком торчащий хвост и сильно прижимая, кладёшь витки один к одному в сторону шестерни. один на другой класть их не стоит.
вот тебе 2 фото для примера, думаю сам разберёшься где струна поставлена, а где намотана кое как, чего делать не стоит.
и по длине обрежь, не надо оставлять длиннющие хвосты или наматывать на вал все 20 см ненужной струны.
продел в бридж, вытягиваешь по грифу и например для 6й струны - обкусываешь её на уровне вала 4го колка. 5й - почти по верху башки, а 4й - немного выходя за край башки.

Мутант какой-то.... В верхние!

На своё усмотрение, на самом деле. Причин не знаю (скорее всего зачем-то досверливали), но я бы придерживался такой логики -- вставлять струну нужно ближе к центру и накручивать во внешнюю сторону (от центра грифа), чтобы избежать соприкосновения струн и достичь более острого угла между струной и верхним порожком. В вашем случае я бы перебрал колки, потому что отверстия расположены, мягко говоря, неудобно. По крайней мере те что справа лучше сделать наоборот (чтобы отверстия были ближе к краю). В отличие от предыдущего комментатора вместо зажима, более актуального для колков дредноутов и металлических струн, рекомендую делать петли -- просовывается струна в отверстие (как на рисунке ниже) , делается изгиб назад (в обратную сторону направления продевания) и вставляется назад так, чтобы струна на другой половине витка (прямая струна) оказалась в петельке. Такая конструкция отлично держит строй.