Зачем природа оставляет некоторым животным органы, которые им уже практически не нужны?

это только Господь знает

Во-первых, ей виднее, нужны они или нет. Не все то "не нужно", что представляется таковым с виду.
Во-вторых, действительно ненужное - действительно удаляется из организма. Но это происходит в темпе эволюции - т. е. чтобы наблюдать подобные процессы, недостаточно человеческой жизни. Наблюдать надо на периодах порядка от сотен тысяч до десятков миллионов лет.

природа - не конструктор, разумно проектирующий машину.

случилась мутация, ломающая орган - скорее всего существо получится непоноценное, такая мутация к потомкам не пойдет. Не случилось мутаций, ломающих ненужный орган - так и будет торчать.

тем более, что генокод не такой прямолиненый, типа "вот ген пальца, вот ген левого уха". Как правило каждый орган является плодомм работы многих взаимосвязанных генов, каждый из которых делает еще много другого. Если какой-то ген ломается - получается дефект не только в одном органе, а во многих, особь - не живет.

Если ненужный орган мешает, тогда включается механизм его удаляющий, если нет, тогда путь висит, зачем лишние хлопоты? ;-)

изучи объектно-ориентированное программирование и поймёшь на примере гримас наследования методов и свойств объектов.

У Джерома К. Джерома есть рассуждение, как удобно было бы, если бы у людей сохранились хвосты - насколько проще было бы уловить настроение собеседника.. . Но увы - остаются гланды, аппендиксы и нервы в зубах.... После чего говорят у мудрости Природы ;)

Сегодня говорят не нужны.
А завтра окажется, что выполняют не последнюю функцию.

Как оказалось с гландами.
Не торопись!

Низачем. У природы нет какой-то определённой цели. А остаются они, грубо говоря, потому что не успели отвалиться в результате эволюции.

это какие например

Приведи примеры. Природа никогда ничего лишнего не оставляет.

эти не использующиеся органы называются рудиментарными или рудиментами. Они значительно уменьшены в размерах и не функциональны - редуцированы. Поскольку, рудименты не мешают воспроизводству вида, данные органы (вернее - их остатки) сохранились в том виде, в котором не мешают организму.

Это называется -атавизмом.

а куда же есть?