Молекулы чего заполняют межзвездное и межпланетное пространство?

Ответ Сергея подробен, но не совсем по вопросу...

С молекулами в МЗС, думаю, совсем туговато будет... -там плотность атомов настолько мала, а скорости их разлетания (при взрыве сверхновой звезды, их породившей) так велики, что слипание атомов в молекулы происходить не может, и, даже отдельные атомы могут, даже в МПС, находиться в сильно возбужденном состоянии не ионизируясь (не сталкиваясь друг с другом):

- атомы водорода в обычном газе сразу "склеивается" в молекулы,
- в плазме - молекулы разваливаются на атомы, а атомы ионизируются (разваливаются на протоны и электроны...)
- где- то в середине этого "масштаба" атом водорода может светиться, испуская фотоны с возбужденных оболочек с номерами 1,2,3,...(обозначения - S,P,D)...
- а в космосе наблюдают свечение водорода с возбужденных оболочек с №№ около 1000- чего в обычном газе в принципе быть не может... -от соударений они просто сразу ионизируются...

Какие уж там молекулы!

Более того, в МПС (в солнечной системе) молекулы водорода из атмосферы Земли, попадая под солнечный ветер (поток протонов и электронов), жесткие гамма- кванты - думаю, легко разбиваются на отдельные атомы...

Не исключено, что около Солнца даже атомы кислорода, азота и углерода могут разбиваться на протоны и нейтроны тем же "ветром"...

Так что МЗС заполнена в основном (по массе) протонами и электронами, атомами водорода и гелия... -никаких молекул (кроме редкой "экзотики")!

всякая хрень

Межзвёздная среда (МЗС) — вещество и поля, заполняющие межзвёздное пространство внутри галактик [1]. Состав: межзвёздный газ, пыль (1 % от массы газа), межзвёздные магнитные поля, космические лучи, а также тёмная материя. Химический состав межзвёздной среды — продукт первичного нуклеосинтеза и ядерного синтеза в звёздах. На протяжении своей жизни звёзды испускают звёздный ветер, который возвращает в среду элементы из атмосферы звезды. А в конце жизни звезды с неё сбрасывается оболочка, обогащая межзвёздную среду продуктами ядерного синтеза.

Межпланетная среда — вещество и поля, заполняющие пространство внутри Солнечной системы от солнечной короны до границ гелиосферы за исключением планет и тел Солнечной системы. Межпланетная среда в основном включает солнечный ветер, межпланетное магнитное поле, космические лучи (заряженные частицы высокой энергии), нейтральный газ, межпланетную пыль и электромагнитное излучение [1]. Межпланетная среда играет ключевую роль в солнечно-земной физике и ее практической части — космической погоде.

По большей части водород, ну гелий еще.

Всё, что имеет массу, подчиняются Законам Небесной Механики, независимо от размеров. Если посмотреть с этой стороны, то плотность тел межзвёздного пространства распределяется очень неравномерно и в основном находится в плоскостях орбит планет и их спутников, тела двигаются по эллипсическим траекториям со скоростями, значительно меньше скорости света. Вас не удивляет, что планеты солнечной системы вращаются в одной плоскости? Да и наша галактика так же плоская. Вне этих плоскостей плотность вещества неизвестна. Очевидно, материальные объекты дрейфуют в энергетических полях, как индикаторы "фиксируют" их воздействие.