Почему атом до сих пор называют атомом, хотя это переводится как "неделимый"?

Средние века давно далеко не средние, античность ("древность") тоже далеко не самая древняя эпоха, но их до сих пор называют средними веками и античностью - потому что такова традиция. Русские называют Китай Китаем, хотя эта страна никогда так сама себя не называла, ее так называли европейцы (в честь племени кидань, которое ошивалось где-то на границе Китая), а не китайцы. Вообще, до наших времен дожило много всяких традиций, которые настолько древние, что не каждый может объяснить, откуда они вообще взялись.

Сейчас называют "западными странами" не страны Западной Европы, а развитые страны в Европе и вне Европы: США, Японию, Англию, Францию и т. д. А "востоком" называют не Китай, Японию, Индию, а любые малоразвитые страны, в том числе в Африке и на островах в океанах.

ну раньше так и считалось не менять же название

Потому что так принято. Ноль тоже неделимый. Может тогда и атом нулём обозвать?

Потому что он до сих пор остался не делим с точки зрения химии (не физики). Да и название уже дано, зачем менять.
Так же, как и единицу массы в международной системе СИ называют килограммом несмотря на приставку "кило", которая определяет кратность.

затратно; да и не все такие умные.

Почему тебя до сих пор называют Волосатая сгущенка, хотя это переводится как и звучит?