почему говорят ать два левой, а не правой?

Можешь и правой

Потому что начинают шагать всегда с левой.

"Кто там шагает правой?
Левой! Левой! Левой!"
Маяковский, "Левый марш" ;)

Левая нога обычно больше правой и обычно является толчковой)
http://oddandeven.narod.ru/FunctionalAsymmetryOfHuman/104.htm

Потому, что у них толчковая - левая)

Потому что так удобно. все команды даются под левую ногу, а потому надо знать именно ритм левой ноги (на правую вообще можете не ступать, если получится конечно :)) ). Очень часто что бы отбивка шага чище была подаётся исключительно команда "Левой!", или полная "РАЗ! ..РАЗ! РАЗ! ДВА! ТРИ!" (просто во время ходьбы строя иногда создаётся эхо и другие шумы, от чего сложно выдерживать одинаковый ритм, и тогда подаётся соответствующая команда несколько раз подряд под левую ногу, что бы синхронизировать шаг). Никто ать-два не кричит :)) Ну разве только что бы врага смехом на подходе уморить...

И было бы странно все команды под левую ногу давать, а счёт на правую ногу вести :))

P.S. Так нас в военном классе в общем учили...

Потому что в российской армии, потом в Советской армии, а теперь опять в российской армии любое движение начинается с ЛЕВОЙ ноги. Так сложилось исторически и так закреплено в Уставах.
Кстати. В уставах такого нет "Ать-два". Это ты чего то начитался-насмотрелся фантастического.

Начинают с левой, поэтому нечетные номера выпадают на левую.

Потом говорят : "Ать, два правой !"
Вспоминайте давайте !)