Имеют-ли рукокрылые шанс когда-нибудь вытеснить птиц?

В случае какого-то глобального катаклизма, который уничтожит процентов 95% птиц - возможно.
Просто так в результате эволюционного развития - вряд ли. Птицы тоже прекрасно развиваются.

рукокрылые гораздо лучше переносят климатические перемены - что то я в тундре не видел рукокрылых
рукокрылые практически всеядны - что то я не видел зерноядных рукокрылых

Следует отметить, что не все птицы специализируются на одном питании. Даже хищники могут охотиться на разную добычу, а питцы-собиратели едят все, что найдут. К изменениям климата птицы тоже смогли приспособиться - об этом говорит и то, что они живут на планете уже десятки миллионов лет и то, что их ареал включает даже малопригодные для жизни места типа Антарктиды.
Многие виды приспособились и к жизни рядом с людьми. Некоторые сделали это совсем недавно - наверняка многие люди замечали, что рядом с их домом постепенно появляются новые виды птиц.

Мозг птиц тоже прошел большой путь и, несмотря на ограничение по объему, является весьма эффективным. Некоторые виды даже проявляют весьма впечатляющие примеры интеллекта.

Может быть и рукокрылым, по прошествии пары десятков миллионов лет, получится усилить свои позиции, но птицы будут серьезным противником. Даже если у летучих мышей есть какие-то потенциальные преимущества, их будет непросто реализовать в борьбе с птицами.

Нулевая - птицы их уже выгнали в ночь.
Они летают ночью не потому что могут, а потому что днем являются легкой добычей для птиц.