Откуда берутся атомы азота и фосфора в молекуле АТФ при дыхании, если их изначально не было? (см. формулу)

Я в этом вопросе практически не разбираюсь, так давно это было, но полагаю так:
1. Данная схема реакции - общий алгоритм, дающий представление об исходных веществах и конечном продукте. Это всё равно что сказать - на завод привозят руду, с конвейера выходят автомобили. А про провода, приборы, резину/пластмассу, стекло, чертежи - ни слова...
2. Данная схема не говорит о том, что синтез АТФ происходит из указанных слева веществ. Правильнее понимать так: при окислении такого-то вещества образуются оксиды и молекула АТФ. А вот из чего эта АТФ образуется и как - в данной формуле не важно.
3. АТФ синтезируется из АДФ в процессе сложнейшего биохимического превращения, имеющего множество этапов. Там и ферменты, и куча реактивов /сложных веществ/, самостоятельно не разобраться. Просто шоб увидеть и ужаснуться - см. Википедию ЦИКЛ КРЕБСА. Если совсем примитивно, на уровне приведённого вопроса - в процессе окисления /дыхания вырабатывается химическая энергия, которая из разряженной молекулы АМФ делает заряженную - АТФ. Как аккумулятор зарядить. И потом эта энергия тратится организмом как ему надо. А фосфор и в АМФ есть, и где тока его нету...

Не надо воспринимать написанное на левой картинке буквально.
Автор имел в виду только то, что глюкоза окисляется кислородом воздуха до СО2 и Н2О, а высвобождающаяся при этом энергия идёт на биосинтез АТФ, которую часто называют "универсальной энергетической разменной монетой клетки". Как именно это происходит - читайте в любом учебнике биохимии, процесс сложный и многостадийный.

Из учебника 9 класса про метаболизм:

Уравнение на первой картинке совершенно неправильное.