почему яд убивает как это происходит на атомном уровне?

Если рассматривать яды быстрого мгновенного действия, то происходит блокировка синапсов.
Молекулы яда играют роль медиаторов в синапсах. Но в отличие от естественных медиаторов, они блокируют передачу сигналов между нейронами. В результате, сигналы от нервных клеток мозга не поступают к мышцам, сердцу, легким и другим органам. Их функционирование нарушается.

Кстати, алкоголь и наркотические вещества действуют точно также, но они не блокируют все сигналы, а только некоторые сигналы (некоторые сигналы могут и усиливать). Это приводит к тому, что электромагнитные сигналы между нейронами начинают бегать не по привычным путям, а весьма причудливым образом.

Это происходит не на атомном, а на клеточном или молекулярном уровне.

В общих словах - яды нарушают работу определённых жизненно важных систем организма. Каких - зависит от конкретного яда. Например, ФОВ связываются с ферментом ацетилхолинэстеразой и блокируют его химическую активность. Цианиды блокируют усвоение тканями кислорода и синтез АТФ. И т. д.

нервные клетки убивает

Нет лекарств и нет ядов - всё зависит от дозы.
Одно и тож вещество может воздействовать на организьм исцеляя его, оно же при большой дозе может убить.

Ядов много, ну очень много. И они действуют совершенно по-разному.
Те, шр известны мне, не работают на уровне атомов. Достаточно молекулярного. Например, одни блокируют передачу нервного импульса через нейроны, внедряясь в процесс заместо родных веществ. Другие блокируют дыхательные ферменты, делая невозможным тканевое дыхание /усвоение тканями организьма кислорода, уже доставленного кровью/.
Третьи блокируют гемоглобин, не давая ему возможности хватать кислород и тащить его куда надо.

Всё очень по-разному, единого механизьма нету...

Это не на атомном уровне происходит, а на уровне систем организма.

Например, выпейте 10 литров воды за полминуты, и умрёте от разрыва желудка, вот и яд, хотя это просто вода. С другими ядами происходят подобные, хотя и очень разные процессы, и от других доз.

Это как пьяный электрик полезет с отвёрткой ремонтировать материнку, то резистор отковырнёт или коротнёт чтото. Система очень сложная и её достаточно легко ушатать веществами яды. Есть нервнопаралитические, удушающего действия, тератогенного, кожнонарывные, лакриматоры....
в википедии же есть боевые отравляющие вещества, яды.

Смотря какой яд. Больше всего ядов ,,убивают,, на молекулярном уровне. Есть яды изменяющие структуры молекул белков крови и, например, почки отказывают. Есть яды влияющие на белки клеток и тогда те же почки отказывают на уровне клеток. Есть такие, которые влияют системно, фозген например. Делятся яды в основном на органические и не органические. Есть нейротропные, действуют на нейроны и группы нейронов, но на группы уже нарушая связи между нейронами. Что касается ядов действующих на уровне атомном, то таких вообще не существует если не рассматривать прямое воздействие на распад атомов посредством радиоактивного или электромагнитного излучения.