Как можно на молекулярном уровне объяснить цвет веществ?

Да, конечно.
Я не специалист в этом вопросе поэтому подробно ответить не смогу, но все вещество поглощает свет (это связано с процессами, когда частица поглощает свет для получения заряда например, или электрон поглощает чтобы перейти на другой энергетический слой).
В конечном итоге вещество получает энергию из света, но из-за своей структуры и процессов проходящих в веществе ему для этого не подходит любой свет. Например какое-то вещество скажем вырабатывает кислород. Ему к примеру нужно, чтобы электроны прыгали через несколько энергетических слоев для чего веществу нужно поглощать синий спектр света (который обладает достаточной энергией для таких прыжков, остальной свет просто не принесет результата). В таком случае не нужный свет будет просто отражен и мы увидем что это вещество близко по цвету к желтому.

По сути примерно так все и проиходит.

Да. Переходами электронов между энергетическими уровнями.

Так что, гемоглобин например не поглащает, коротковолновое излучение красного спектра (остальное поглащает, плюсует себе его энергию, находится с ней в резонансе) а отражает

Различной температурой, энергия складывается

каждый элемент по своему отражает свет в смысле преломляет, так что достаточно таблицы элементов и спектра и вуаля, ну если конечно рубишь хотя бы в чём то из этого

можно, но трудно. один академик всю жизнь посвятил исследованию связи между цветом и хим. структурой

Можно.
Но не на молекулярном, а на атомарном уровне.