Если говорить о макромолекулах, то ДНК, должным образом подготовленная, может быть увидена невооружённым глазом и сфотографирована.
Однако есть ещё рентгеновское излучение и электронные микроскопы. С их помощью можно получить не очень качественные, но изображения молекул.

http://74322s002.edusite.ru/files/atomi/Molekuly.html

http://www.compulenta.ru/2003/6/19/40141/
Здесь ещё есть:
http://dic.academic.ru/dic.nsf/enc_physics/190/БИОЛОГИЧЕСКИЕ

http://www.college.ru/biology/course/content/chapter9/section1/paragraph7/theory.html
В ответе deepnet изображение клеток (растительных, по ходу) . Кто додумался подписать там "фото молекул" не знаю, но это чушь. Если только не трактовать это как фото объекта, состоящего из молекул (тогда любое фото - это фото молекул xD )
>^.^<