в аквариуме у болотной черепахи мелки червячки

Скорее всего планарии. Избавится.. . Ну тут возможно варианты.
1) Химическая война - фетбал или подобное лекарство в руки и травить. После фетбала никакие черви не выживают. Минусы - вся эта дрянь сдохнет и будет разлагаться в воде. Затем через некоторое время обязательно появится вновь. Поскольку планарии, нематоды или любые другие черви в аквариуме это следствие, а не причина.
2) Чистота, чистота, чистота. Планарии да и прочие нахлебники заводятся только от того что в аквариуме есть пища. Есть остатки от кормления черепах или рыбок. Так что покормили? Убирайте немедленно остатки корма. Кормите меньше и подберите корма получше и поудобней. Есть же специализированные корма для черепах, которые не так загрязняют воду. Недостатков у этого метода нет, ну разве что придется почаще обращать внимание на аквариум вот и все.
3) Физическое истребление - отлавливать в ловушки, например кусочек мяса на веревочке спустить в аквариум, дождатся пока на нем соберется куча и в стакан с кипятком. Десяток раз так сделаешь и большая часть исчезает. Разок в месяц такую экзекуцию проводить вполне можно.
4) Биологические Вам увы не подходят. А я так молодь макроподов или гурами использовал. Если их не кормить, то за три-четыре дня 100% очищают весь аквариум от любой нечисти. Остальные рыбы увы планарий не едят.
5) Забить. Неприятно, ну и черт с ними. Черепахам никакие черви в принципе не повредят. У меня например в креветочниках тоже бывают планарии, ну бывает их отлавливаю в ловушки и уничтожаю, а большую часть времени их не видно.. .
Вот такие черви? (планария в моем креветочнике)

Добавлю к сказанному Константином, простое средство, которое можно найти на наших водоемах - растение частуха. Этакий, русский эхинодорус. После ее посадки в аквариум планарии дохнут менее чем за сутки, но частуха ядовита, потому после 2-3 дней ее пребывания в аквариуме, лучше ее убрать