"Стальной алхимик" и "Стальной алхимик. братерство"

Разница в том, что Fullmetal Alchemist и Fullmetal Alchemist: Brotherhood это две разных экранизации одной манги. Не сезоны, не продолжения, а именно две экранизации. TV-сериал 2003 года снимался по онгоинг-манге, так что там быстро начались расхождения с сюжетом манги (только первых семь томов было экранизировано, а дальше пошел свой сюжет) , а TV-сериал 2009 года - строгая экранизация всей манги.
Поэтому, если вы смотрели только сериал Fullmetal Alchemist 2003 года, то дальнейшее развитие событий вы найдете лишь в полнометражке Fullmetal Alchemist: Conqueror of Shamballa. До полнометражки можно посмотреть еще спешиал Full Metal Alchemist Reflections Special (но его можно и пропустить, ничего особенно там нет - просто нарезка кадров из сериала, "повторение пройденного"). После мувика можно пос мотреть 4 овашки Fullmetal Alchemist: Premium Collection. Они, в основном, стебного характера, что-то вроде бонусов для фанатов - так что их тоже по желанию.
После этого забудьте все, что вы посмотрели, как "не-канон", и смотрите экранизацию 2009 года, Fullmetal Alchemist: Brotherhood. Да, в начале там будут те же события, что и в Fullmetal Alchemist 2003 года, но потом сюжет пойдет по-другому (так, как в манге) . Пропускать серии - не стоит, смотреть надо с самой первой. Плюс еще есть полнометражка Fullmetal Alchemist: The Sacred Star of Milos (сайд-стори, события происходят во время сериала).